Macartney chọn George Stauton làm cánh tay phải đắc lực, người mà ông sẽ giao phó sứ đoàn nếu bản thân không thể tiếp tục. Stauton mang theo cậu con trai Thomas phục vụ trong sứ đoàn như một chân sai vặt. John Barrow (sau này là Sir John Barrow, Đệ nhất Nam tước) làm kiểm soát viên sứ đoàn. Tham gia sứ đoàn còn có hai bác sĩ, hai thư ký, ba tùy viên và một đội hộ tống quân đội. Hai họa sĩ William Alexander và Thomas Hickey sẽ vẽ tranh minh họa cho những sự kiện mà sứ đoàn trải qua. Một nhóm nhà khoa học cũng tham gia cùng sứ đoàn, dẫn đầu bởi James Dinwiddie.[3]:6–8

Sứ đoàn mang theo bốn linh mục Công giáo Trung Quốc làm thông dịch viên. Hai trong số đó được George Stauton tuyển dụng tại Collegium Sinicum, Napoli. Họ quen thuộc với tiếng Latinh chứ không phải tiếng Anh. Hai người còn lại là các linh mục đang muốn trở về Trung Quốc, được Staunton đề nghị cho quá giang miễn phí đến Ma Cao.[3]:5[6] Sứ đoàn 100 thành viên có cả các học giả và người hầu.[7]

Trong số những người kêu gọi một sứ đoàn đến Trung Quốc có Sir Joseph Banks, Đệ nhất Nam tước, Chủ tịch Hiệp hội Hoàng gia. Banks làm nhà thực vật học trên tàu HMS Endeavour trong chuyến đi đầu tiên của Thuyển trưởng James Cook, là động lực thúc đẩy chuyến thám hiểm năm 1787 của HMS Bounty đến Tahiti. Banks đã trồng trà tư nhân từ năm 1780, nuôi tham vọng thu thập các loại cây có giá trị từ khắp nơi trên thế giới để nghiên cứu tại Vườn Bách thảo Hoàng gia ở Kew và Vườn Bách thảo Calcutta mới thành lập ở Bengal. Trên hết, ông muốn trồng trà ở Bengal hoặc Assam, và giải quyết "món nợ bạc khổng lồ" mà hoạt động buôn bán trà gây ra. Vào thời điểm đó, các nhà thực vật học vẫn chưa biết rằng nhiều loại cây trà cũng đã phát triển tự nhiên ở Assam, một sự thật mà mãi đến năm 1823, Robert Bruce mới phát hiện. Banks khuyên sứ đoàn thu thập càng nhiều cây trồng càng tốt, đặc biệt là cây trà. Ông nhấn mạnh việc thợ làm vườn và họa sĩ tham gia chuyến thám hiểm nên chú ý quan sát và minh họa hệ thực vật địa phương. David Stronach và John Haxton là hai thợ làm vườn trong sứ đoàn.[8]

Henry Dundas đưa ra các mục tiêu của mình cho sứ đoàn trong bản hướng dẫn Macartney chính thức. Người Anh buôn bán ở Trung Quốc nhiều hơn người đến từ bất kỳ quốc gia châu Âu nào khác. Mặc dù vậy, người Anh lại không có mối liên hệ trực tiếp nào với hoàng đế, trong khi các nhà truyền giáo Bồ Đào Nha vẫn giữ các chức vị thường trực trong triều đình. Macartney nhận chỉ thị đàm phán nới lỏng Hệ thống Quảng Châu để thương nhân Anh có thể hoạt động tại nhiều cảng và thị trường hơn, giành lấy một hòn đảo nhỏ dọc bờ biển Trung Quốc mà từ đó thương nhân Anh hoạt động dưới quyền tài phán của Anh. Ông cũng sẽ thành lập một đại sứ quán thường trú ở Bắc Kinh nhằm tạo đường liên lạc trực tiếp giữa hai chính phủ, loại bỏ trung gian là các thương nhân Quảng Châu. Cuối cùng, Macartney phải thu thập thông tin tình báo về chính phủ và xã hội Trung Quốc, về những điều mà người châu Âu lúc bấy giờ vẫn còn rất mù mờ.[3]:9–10

Các chỉ thị từ Dundas cũng yêu cầu Macartney nên thiết lập quan hệ thương mại với các quốc gia phương Đông khác.[3]:9–10 Macartney sẽ trao quốc thư cho Thiên hoàng Nhật Bản sau khi hoàn thành nhiệm vụ tại Trung Quốc. Hướng dẫn nêu rõ rằng chuyến thăm Nhật Bản có thể rất hữu ích trong việc thiết lập các mối quan hệ thương mại, nhất là thiết lập thương mại trà.[9]

Bất chấp sự nghi ngờ về những mặt trái tiềm ẩn của Sứ đoàn Macartney, Công ty Đông Ấn vẫn bị chính phủ buộc phải tài trợ cho nỗ lực ngoại giao này.[10] Dundas và Macartney đặt lợi ích quốc gia lên trên lợi ích của Công ty Đông Ấn, vốn đang sợ mất vị thế độc quyền thương mại và quan ngại rằng sứ đoàn có khả năng làm căng thẳng thêm các mối quan hệ ngoại giao thay vì cải thiện chúng.[11] Bằng cách cử đi một người đại diện vương miện Anh trực tiếp, chính trị gia và sau này là Bộ trưởng Ngoại giao Lord Grenville lý luận rằng sứ đoàn sẽ gây chú ý hơn nếu được phái đi "chỉ dưới danh nghĩa của một công ty thương mại".[5]

Một trong những mục tiêu của sứ đoàn là chứng minh sự hữu ích của khoa học và công nghệ Anh, với hi vọng khuyến khích Trung Quốc nhập khẩu các mặt hàng từ Anh. Để phục vụ mục tiêu đề ra, sứ đoàn đem theo một số món quà tặng đặc biệt bao gồm đồng hồ, kính thiên văn, vũ khí, hàng dệt may và một vài mặt hàng công nghệ khác.[10][12] Macartney dự định thể hiện năng lực kỹ thuật để phán ánh "quốc tính" của nước Anh, sự khéo léo, tính khám phá và lòng hiếu kỳ với thế giới tự nhiên.[13] Tuy nhiên, Dundas vẫn nhắc nhở Macartney rằng sứ đoàn không phải là "một phái đoàn của Hiệp hội Hoàng gia".[3]:6–8